许多人兽共患病标本中的病原，可在病理组织检查时在镜下查见。病理组织在使用化学药品后，细胞中蛋白质沉淀或凝固，可以迅速防止组织细胞死后变化，防止组织自溶与腐败，以保持组织和细胞的正常形态；可使细胞内蛋白质、脂肪、糖、酶等各种成分转变成不溶性物质，以保持原有的结构；可使组织中的各种物质沉淀和凝固起来而产生不同的折射率，造成光学上的差异，以便染色后鉴别和观察；固定剂兼有硬化作用，增加组织硬度，便于组织切片；固定的组织，能对染料产生不同的亲和力而着色清晰，便于辨认。

微生物在生长过程中，可把培养基中的电惰性底物代谢成活性底物，从而使培养基中的电导性增大，培养物中的阻抗随之降低，不同的微生物在培养基中可产生具有作为诊断依据的特征性阻抗曲线，根据电阻改变图形，对检测的细菌做鉴定。该法具有快速、敏感性高、特异性强、重复性好的优点，能够迅速检测微生物。

生物传感是指对生物活性物质的物理化学变化产生感应，它通过物理、化学换能器捕捉目标物与敏感元件之间的反应，然后将反应的程度用离散或连续的数字电信号表达出来，从而得出被分析物的浓度。

生物传感器是一种精致的分析器件，它结合一种生物的或生物衍生的敏感元件与一只理化换能器，能够产生间断或连续的数字电信号，信号强度与被分析成比例。生物传感器结合了生命科学、分析化学、物理学和信息科学及其相关技术，能够对所需要检测的物质进行快速分析和追踪。生物传感器特异性和灵敏度高，能对复杂样品进行多参数检测，可应用于微生物的快速检测。

将细胞固定于传感器表面，由于厚度的变化，光发生折射，光学传感器可以检测到此微小变化。单模双电波导、表面等离子体共振（sPR）、椭圆率测量法、单模双电波导、光纤波导、干扰仪等已被用于致病菌的检测。

随着对能表达荧光素酶的噬菌体研究的深入，生物发光传感器的应用越来越广泛。将标记有荧光素酶的基因转入噬菌体的染色质中，再将噬菌体感染菌，目标细菌即具有发光能力而得以检测。Folley等采用TM4抗生素检测结核杆菌，灵敏度为10 ⁴cfu／ml，检测时间2小时。Biasco建立了一种灵敏度较好的生物传感系统检测沙门菌和大肠埃希菌。生物发光传感检测方法特异性好，能区分活菌体和死菌体。但不足之处在于检测时间太长，灵敏度不高。

放射测量法（RM）是多种物理、化学诊断新技术，主要用于培养基中微生物的检验。RM的原理是根据细菌在生长繁殖过程中可利用培养基中的 ¹⁴C标记的碳水化合物或盐类的底物，代谢产生CO ₂，然后通过仪器测量 ¹⁴CO ₂的含量增加与否，确定样品中有无细菌存在。如向培养基中加入 ¹⁴C标记的葡萄糖，当样品中有细菌时，含 ¹⁴C的葡萄糖可被生长的细菌摄取吸收，经过代谢被利用，结果可能出现以下两种情况：一是 ¹⁴C进入细菌体内被标记，此时可用放射仪检测细菌的放射性，由此可直接证明标本中的细菌存在，并根据放射性强弱间接确定所含细菌的数量；二是如果以气态的 ¹⁴CO ₂释放出，可用氢氧化季铵盐捕获 ¹⁴CO ₂，以细菌生长测量仪检测放出的 ¹⁴CO ₂，这样可快速、准确地检测出样品中有无细菌以及细菌的量。

在人兽共患病的研究中，在确定传播途径和感染途径中，需要进行微生物同源性分析。

同源性分析分为两大类，一是核酸分析技术，二为蛋白质和酶分析技术。核酸分析技术主要采用质粒图谱分析技术、基因组核酸电泳图谱分析技术、核酸分子探针杂交技术、PCR分析技术、寡核苷酸图谱分析技术等方法，是目前在分子水平上分析细菌的主要手段，在鉴定细菌感染的暴发、确定院内交叉感染、感染病原菌之间的基因同源性等方面有着重要的作用。

蛋白质和酶分析技术主要有全细胞可溶性蛋白图谱分析技术、外膜蛋白图谱分析技术和多位点酶电泳分析技术。